¿Puedo tener un un proveedor para factura y otro para nómina?
¡Hola Samy! 
Claro que si. Es posible emitir nómina electrónica con un proveedor diferente al proveedor con el que facturas electrónicamente.
Con Tu Nómina Electrónica solo debes realizar el proceso de habilitación; dentro del asistente de habilitación seleccionas “Ya soy facturador electrónico” inclusive si facturas electrónicamente con otro proveedor. 